Il complesso ecclesiastico, sovrastante la necropoli risalente all'insediamento romano e già presente all'inizio del IX secolo, venne dato in uso alle Suore Benedettine di Sant'Ilario dal 1157 e resterà loro fino al 1230, quando la conduzione del complesso passò, per volere di Papa Alessandro IV, ai monaci benedettini vallombrosani. Nella seconda metà del Quattrocento i monaci vallombrosani operarono una radicale ristrutturazione del convento per poterlo adibire ad ospedale e ad ostello dei pellegrini. La ristrutturazione rinascimentale interessò anche le cappelle adiacenti alla chiesa e nel 1467 Leon Battista Alberti, patrocinato dalla famiglia Rucellai, qui realizzò la splendida cappella che conserva il tempietto rivestito di marmi bicromi intarsiati riproducente il Santo Sepolcro di Gerusalemme.
Riproduzione del Santo Sepolcro di Gerusalemme.
Nel 1808, anno delle soppressioni napoleoniche dei monasteri, la Chiesa di San Pancrazio, venne trasformata e ulteriormente modificata, diventando sede delle lotterie napoleoniche prima, quindi della pretura e infine della manifattura tabacchi. Nel 1982 agli Architetti Lorenzo Papi e Bruno Sacchi venne affidato il progetto di restauro e trasformazione della ex Chiesa.
Nel 1988 viene inaugurato il Museo Marino Marini, dedicato ad uno dei più importanti artisti italiani del '900. Le opere, per la maggior parte sculture, ma anche dipinti e disegni, sono disposte su più livelli secondo un ordinamento tematico che permette al visitatore di accostarsi con libertà al mondo dell'artista, creando un raro effetto di armonia tra l'architettura e le opere.
È ricordata in un documento datato 12 aprile 970, facente parte dell'Archivio Arcivescovile di Pisa e probabilmente anche in un altro documento risalente al...